黑河口岸的檢查、檢疫、檢驗、監督、代理、代辦、運輸、倉儲、金融、保險、通訊、旅游和服務等機構健全，基礎設施不斷完善，形成了完整的對外運輸體系。通過黑河口岸，南下內地可利用北黑鐵路、黑大公路和黑哈航線直達國內各地、東南沿海及港澳地區。對外運輸可利用俄羅斯阿穆爾州布拉戈維申斯克口岸通過109公里的支線鐵路與獨聯體歐亞大陸橋--西伯利亞大鐵路和貝阿鐵路相接。通過西伯利亞大鐵路和貝阿鐵路可進入俄羅斯腹地，到達獨聯體和東歐各國。布拉戈維申斯克航空港有50多條航線與全國各地相通。特別是中俄雙方實行江海聯運后，從黑河口岸通過黑龍江和俄羅斯的阿穆爾河通過韃靼海峽進入日本海、到達日本、韓國、東南亞及太平洋諸國。

  黑河水運口岸黑龍江明水期（5月至10月）為水上客貨船舶和輪渡汽車運輸，有效時間約175天左右，實際運輸為155天左右。冬季流冰期（11月至12下旬）開通氣墊船，有效時間約50天左右，實際運輸為40天左右。封凍期（次年1月至3月）為浮箱固冰通道客貨汽車運輸，有效時間為95天左右。實際運輸為70天左右。春季流冰期（3月下旬至5月初）繼續開通氣墊船，有效時間約40天左右，實際運輸30天左右，全年累計有效時間360天左右， 實際運輸295天左右。